在日本，如果有教授用科研费请客吃饭，一旦被揭露就要遭受严厉处分并被媒体谴责。科研经费难以用于科研之外的用途，是由于日本大学老师本身就是高收入阶层，没必要再占便宜。同时，严密的监管体制也成为防止科研费腐败的重要屏障。

日本大学的科研费可分为两大类。首先是日本政府通过政府预算向国立大学和政府下属的“独立行政法人”拨付“运营费交付金”，同时还会给私立大学拨付“日常经费补助金”。在上述经费中，有一部分是通过内部分配用于学术研究。其次是日本文部科学省下属的独立行政法人日本学术振兴会等机构，向大学、研究机构和个人提供的研究费，这些研究费需要通过申请获得。

随着日本国立大学和国立研究机构的法人化改革，政府提供给大学和研究机构的“运营费交付金”逐年减少，具有竞争性的申请类研究资金逐年增加，成为日本科研经费的主要来源。其中，日本学术振兴会掌管的“科学研究费”占日本政府全部竞争性科研费的60%以上，是日本最大规模的竞争性申请类科研费。

日本学术振兴会设有科学研究费委员会，对资助项目的公募、审查、评估、科研费使用有一套严格的程序。日本学术振兴会一般从上一年9月开始发布科研费申请课题公募，各个研究机构和研究者的研究计划书需要经过学术振兴会的两个阶段审查。设计重大项目时，还必须经“同行审查”才能认定申请资格。

此外，为保证审查委员人选的公正与平衡，日本学术振兴会专设有“学术体系研究中心”，负责审查委员的遴选和科研费制度改革等。“学术体系研究中心”从数据库中的7万名审查委员候选人中遴选出每个年度审查委员名单后，经“科研费审查委员会选考会”审查决定最终名单。根据规程，第一阶段审查委员人选必须不同于第二阶段审查委员。

为便于社会监督，日本学术振兴会和文部科学省网站上会及时公布每年度科研费申请要求、项目审查方针、审查标准和审查结果，并在每年任期结束后公开当年度审查委员名单。日本学术振兴会每年必须向文部科学省提交科研费使用报告书，文部科学大臣在报告书后签署意见后必须向国会报告。

科研费申请者有义务每年向日本学术振兴会提交研究进展和成果评估报告。对于重要科研项目，日本学术振兴会还将每年组织同行评估和现地调查，掌握项目进展情况。项目完成后的研究成果将适时公布在指定网站上，供其他研究人员和公众浏览。

为防止不当申请和学术行为，日本文部科学省和学术振兴会制定有相应的惩戒措施。不当行为主要包括造假等不当申请科研费，挪用等不当使用科研费，剽窃、造假等不当学术行为。对此视情节轻重，将给予返回科研费、停止当事人科研费申请资格等各种惩罚。

文部科学省还专设有不当学术行为举报窗口和热线，同时提供相关政策和指导咨询。2007年，早稻田大学一名教授在使用日本学术振兴会的科研费时，被文部科学省在核查时发现有约47.6万日元虚假报销。日本学术振兴会要求早稻田大学返还这笔费用，该教授此后10年间不得申请公共研究费，从而导致其主导的研究室陷入困境。虽然这名教授否认自己有不正当行为，但早稻田大学依然对其给予停职30天和“警告处分”，早稻田大学校长也主动连续3个月给自己减薪30%。

 2016年3月31日，日本学术振兴会先后发表了两份关于研究活动中不正当行为的名单，并且公布了惩罚措施，包括5年之内不得再申请日本学术振兴会的竞争性资金等。对于这些贪小便宜或者是为了获得研究费而伪造学术成果、剽窃他人成果的行为，最终都得不偿失。

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